マレーシアGP決勝はセパンで56周にわたって行われた。ハミルトンはポールポジションからスタートしてすぐに首位に立った一方、ロズベルグは1周目の接触で17番手まで後退した。リカルドとフェルスタッペンがメルセデス勢を追った。
資料写真 2016年マレーシアGP決勝で車両故障によりリタイアしたハミルトン
1コーナーでは3台が並ぶ中でベッテルがタイヤをロックさせ、フェルスタッペンと軽く接触した後にロズベルグにぶつかり、自車の左フロントサスペンションを壊した。ベッテルはその場でリタイアし、ロズベルグはスピンしながらも走行を続けた。
リカルドとフェルスタッペンは交互にハミルトンとの差を詰めた。レッドブルはフェルスタッペンを早めにピットへ呼び、新しいソフトタイヤが一時的な首位浮上につながった。ハミルトンが20周目にピットへ入ると、タイヤ戦略に伴って首位は何度か入れ替わった。
38周目、ロズベルグは2コーナーでライコネンを抜いて4番手に上がり、その際に2台が接触した。スチュワードはロズベルグに10秒のタイムペナルティーを科し、表彰台を守るには残りの周回で十分な差を築く必要が生じた。
39周目にはリカルドとフェルスタッペンがポジションを争い、ホイール・トゥ・ホイールの攻防を繰り広げた。この時点でもハミルトンは20秒以上のリードを保っていた。
41周目、ハミルトンのメルセデスのエンジンから炎が上がり、作動が止まった。大きなリードを持っていたハミルトンはリタイアとなった。その後バーチャルセーフティカーが導入され、レッドブルの2台は41周目に最後のピットストップを済ませて上位2台の位置を守った。最終的にリカルドが2.443秒差で優勝した。
ロズベルグはペナルティーを受けながらもライコネンを約3秒上回る3位でフィニッシュし、表彰台を確保した。ボッタスが5位、ペレスが6位となり、アロンソは後方グリッドから7位まで挽回した。バトンは自身300戦目で9位、パーマーは10位でキャリア初ポイントを獲得した。
グティエレスは42周目に左フロントタイヤが外れてリタイアした。マッサはフォーメーションラップでエンジンをストールさせたためピットレーンからスタートし、最終的に13位となった。グロージャン、マグヌッセン、ナッセも完走できず、オコンはピットレーンでの速度違反により5秒のペナルティーを2回受けた。ロズベルグは3位によって選手権のリードを23ポイントへ広げた。
| 順位 | ドライバー | チーム | タイム/状況 | ポイント |
|---|---|---|---|---|
| 1 | ダニエル・リカルド | レッドブル | 1:37:12.776 | 25 |
| 2 | マックス・フェルスタッペン | レッドブル | +2.443秒 | 18 |
| 3 | ニコ・ロズベルグ | メルセデス | +25.516秒 | 15 |
| 4 | キミ・ライコネン | フェラーリ | +28.785秒 | 12 |
| 5 | バルテリ・ボッタス | ウィリアムズ | +61.582秒 | 10 |
| 6 | セルジオ・ペレス | フォース・インディア | +63.794秒 | 8 |
| 7 | フェルナンド・アロンソ | マクラーレン | +65.205秒 | 6 |
| 8 | ニコ・ヒュルケンベルグ | フォース・インディア | +74.062秒 | 4 |
| 9 | ジェンソン・バトン | マクラーレン | +81.816秒 | 2 |
| 10 | ジョリオン・パーマー | ルノー | +95.466秒 | 1 |
| 11 | カルロス・サインツ | トロロッソ | +98.878秒 | 0 |
| 12 | マーカス・エリクソン | ザウバー | 1周遅れ | 0 |
| 13 | フェリペ・マッサ | ウィリアムズ | 1周遅れ | 0 |
| 14 | ダニール・クビアト | トロロッソ | 1周遅れ | 0 |
| 15 | パスカル・ウェーレイン | マノー | 1周遅れ | 0 |
| 16 | エステバン・オコン | マノー | 1周遅れ | 0 |
| 未分類(NC) | フェリペ・ナッセ | ザウバー | DNF | 0 |
| 未分類(NC) | ルイス・ハミルトン | メルセデス | DNF | 0 |
| 未分類(NC) | エステバン・グティエレス | ハース | DNF | 0 |
| 未分類(NC) | ケビン・マグヌッセン | ルノー | DNF | 0 |
| 未分類(NC) | ロマン・グロージャン | ハース | DNF | 0 |
| 未分類(NC) | セバスチャン・ベッテル | フェラーリ | DNF | 0 |