マレーシアGP予選ではハミルトンが1分32秒850でポールポジションを獲得し、チームメートのロズベルグを0.414秒上回った。フェルスタッペンとリカルドが3番手と4番手に入り、レッドブルが2列目を占めた。
資料写真 2016年マレーシアGP予選後に並ぶ3人のドライバー
ハミルトンはQ3最初の計測ラップで優位を築いた。最後のフライングラップはフロントタイヤのロックでタイムを更新できなかったが、誰もそのポールタイムを上回れなかった。最後のアタックを中断し、先に記録したタイムで首位を守った。
ロズベルグも最後のアタックでチームメートに十分迫ることはできず、1分33秒264の2番手となった。メルセデスはセパンで初めてフロントローを独占したが、その優位は決勝のロングランでも試されることになる。
フェルスタッペンは1分33秒420で3番手に入り、ポールとの差は0.570秒だった。リカルドは1分33秒467で4番手となり、0.617秒差だった。レッドブルの2台は2列目を確保したものの、ハミルトンからはともに0.5秒以上離された。
ベッテルとライコネンが5番手と6番手となり、フェラーリは3列目に並んだ。ペレスが7番手、ヒュルケンベルグが8番手に入り、フォース・インディアは2台ともトップ8に入った。
自身300戦目のグランプリを迎えたバトンは9番手、マッサは10番手となった。ボッタスが11番手、グロージャンが12番手で、グティエレス、マグヌッセン、クビアト、サインツは中団の後方に並んだ。
天気予報では一時、小雨の可能性も示されていたが、予選中のタイヤ選択に雨の影響はなかった。ハミルトンは最終ラップでフロントタイヤをロックさせ、ロズベルグも十分に差を縮められず、最終的なトップ10の並びが固まった。
ハミルトンがフロントローの先頭に立ち、ロズベルグがその隣からスタートし、レッドブルの2台がすぐ後ろに続く。メルセデスは一発の速さで優位に立ったが、レッドブルとフェラーリにはロングランとピット戦略で圧力をかける機会が残されていた。
| 順位 | ドライバー | チーム | Q1 | Q2 | Q3 | 周回数 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ルイス・ハミルトン | メルセデス | 1:34.444 | 1:33.046 | 1:32.850 | 11 |
| 2 | ニコ・ロズベルグ | メルセデス | 1:34.460 | 1:33.609 | 1:33.264 | 12 |
| 3 | マックス・フェルスタッペン | レッドブル | 1:35.443 | 1:33.775 | 1:33.420 | 15 |
| 4 | ダニエル・リカルド | レッドブル | 1:35.079 | 1:33.888 | 1:33.467 | 12 |
| 5 | セバスチャン・ベッテル | フェラーリ | 1:34.557 | 1:33.972 | 1:33.584 | 17 |
| 6 | キミ・ライコネン | フェラーリ | 1:34.556 | 1:33.903 | 1:33.632 | 16 |
| 7 | セルジオ・ペレス | フォース・インディア | 1:35.068 | 1:34.538 | 1:34.319 | 17 |
| 8 | ニコ・ヒュルケンベルグ | フォース・インディア | 1:34.827 | 1:34.441 | 1:34.489 | 15 |
| 9 | ジェンソン・バトン | マクラーレン | 1:35.267 | 1:34.431 | 1:34.518 | 17 |
| 10 | フェリペ・マッサ | ウィリアムズ | 1:35.267 | 1:34.422 | 1:34.671 | 13 |
| 11 | バルテリ・ボッタス | ウィリアムズ | 1:35.166 | 1:34.577 | 9 | |
| 12 | ロマン・グロージャン | ハース | 1:35.400 | 1:35.001 | 14 | |
| 13 | エステバン・グティエレス | ハース | 1:35.658 | 1:35.097 | 14 | |
| 14 | ケビン・マグヌッセン | ルノー | 1:35.593 | 1:35.277 | 13 | |
| 15 | ダニール・クビアト | トロロッソ | 1:35.695 | 1:35.369 | 12 | |
| 16 | カルロス・サインツ | トロロッソ | 1:35.605 | 1:35.374 | 12 | |
| 17 | マーカス・エリクソン | ザウバー | 1:35.816 | 8 | ||
| 18 | フェリペ・ナッセ | ザウバー | 1:35.949 | 8 | ||
| 19 | ジョリオン・パーマー | ルノー | 1:35.999 | 8 | ||
| 20 | エステバン・オコン | マノー | 1:36.451 | 9 | ||
| 21 | パスカル・ウェーレイン | マノー | 1:36.587 | 9 | ||
| 22 | フェルナンド・アロンソ | マクラーレン | 1:37.155 | 5 |