日本站带来的关键变化，是MotoGP争冠分差由赛前12分缩至2分。10月4日，马克·马奎斯在茂木完成冲刺赛与正赛双胜，周末拿满37分；豪尔赫·马丁两场合计27分，净少10分。年度榜上，马丁333分仍列第一，马克·马奎斯331分紧随其后。
这场第16站正赛进行了24圈。马克·马奎斯以41分31秒467获胜，领先马丁1.363秒；马可·贝泽奇第三，与马丁一起为阿普利亚取得两个领奖台位置。仅看周日，冠军25分与亚军20分的差额为5分，争冠差距因此从冲刺赛后的7分进一步缩小。
领奖台最后一个席位，比冠军之争更接近。巴斯蒂亚尼尼在第15圈开始时还落后贝泽奇约1.9秒，末段连续四圈刷新当时最快圈，最终以0.078秒之差获得第四。官方将其第23圈1分43秒041列为茂木新正赛圈速纪录，比巴尼亚亚2025年的1分44秒412快1.371秒。
前四名与追赶集团之间也出现了明显断层。巴斯蒂亚尼尼落后冠军2.330秒，第四至第五名费尔南德斯却相差12.485秒。费尔南德斯、小椋蓝与阿科斯塔依次列第五至第七，领奖台附近的两组竞争和后方第五名争夺，形成了不同的比赛节奏。
当天为干地，官方记录气温20摄氏度、地表28摄氏度。赛前讨论集中在硬后胎与中性后胎，最终车手全部采用推荐的硬后胎。此前练习中使用硬后胎的圈数有限，正赛成为这套选择能否维持完整比赛距离的实际检验。
杆位车手马丁守住发车领先，马克·马奎斯随后跟进。贝泽奇和阿莱克斯·马奎斯超过头排起步的阿科斯塔，阿科斯塔先掉到第五，又在第二圈来到第八。第五圈两位领跑者只差约0.4秒；第十圈时，两人与贝泽奇之间已拉开约1.9秒。
决定领跑权的超车发生在第11圈九号弯。马克·马奎斯从内线进攻，在弯心完成超越。马丁在第16圈及下一圈追回时间，将差距压到约0.7秒；马克·马奎斯随后跑出1分43秒291，把领先重新扩大至约1.2秒，最终保持到冲线。
阿莱克斯·马奎斯在第五、第七圈分别执行长圈处罚，第二次通过长圈区后跌至第九，最终完成18圈后摔车退赛。周六冲刺赛亚军迪奥戈·莫雷拉也未能延续到正赛终点，只完成8圈。两人均列入官方未分类名单。
另两名摔车车手继续完成了比赛。杰克·米勒重新上车后列第19，约翰·扎尔科执行两次长圈处罚并摔车后也继续骑行，以落后两圈的成绩列第20。被套圈但仍获分类，与阿莱克斯·马奎斯和莫雷拉的未分类退赛，在下表中分别表示。
日本站后，贝泽奇以284分列年度第三，落后马丁49分；阿科斯塔243分列第四，小椋蓝237分列第五，两人相差6分。下一站转往印尼曼达利卡，前两名仅2分之差的局面，使本周末37比27的积分分配格外关键。
日本站三名争冠车手积分变化
| 节点 | 马丁 | 马克·马奎斯 | 贝泽奇 | 前两名差距 | 贝泽奇距榜首 |
|---|---|---|---|---|---|
| 日本站前 | 306 | 294 | 264 | 12 | 42 |
| 冲刺赛后 | 313 | 306 | 268 | 7 | 45 |
| 正赛后 | 333 | 331 | 284 | 2 | 49 |
日本站正赛完整成绩
| 名次 | 车号 | 车手 | 车队 | 总用时 | 差距 / 状态 | 积分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 93 | 马克·马奎斯 | 杜卡迪车队 | 41:31.467 | — | 25 |
| 2 | 89 | 豪尔赫·马丁 | 阿普利亚车队 | 41:32.830 | +1.363秒 | 20 |
| 3 | 72 | 马可·贝泽奇 | 阿普利亚车队 | 41:33.719 | +2.252秒 | 16 |
| 4 | 23 | 埃内亚·巴斯蒂亚尼尼 | 红牛KTM Tech3 | 41:33.797 | +2.330秒 | 13 |
| 5 | 25 | 劳尔·费尔南德斯 | 特拉克豪斯车队 | 41:46.282 | +14.815秒 | 11 |
| 6 | 79 | 小椋蓝 | 特拉克豪斯车队 | 41:46.677 | +15.210秒 | 10 |
| 7 | 37 | 佩德罗·阿科斯塔 | 红牛KTM厂队 | 41:48.395 | +16.928秒 | 9 |
| 8 | 63 | 弗朗切斯科·巴尼亚亚 | 杜卡迪车队 | 41:51.800 | +20.333秒 | 8 |
| 9 | 54 | 费尔明·阿尔德格尔 | 格雷西尼车队 | 41:55.012 | +23.545秒 | 7 |
| 10 | 10 | 卢卡·马里尼 | 本田车队 | 41:57.144 | +25.677秒 | 6 |
| 11 | 33 | 布拉德·宾德 | 红牛KTM厂队 | 41:57.320 | +25.853秒 | 5 |
| 12 | 20 | 法比奥·夸塔拉罗 | 雅马哈车队 | 42:02.334 | +30.867秒 | 4 |
| 13 | 15 | 颂基亚特·占叻 | 本田车队 | 42:02.800 | +31.333秒 | 3 |
| 14 | 12 | 马弗里克·维纳莱斯 | 红牛KTM Tech3 | 42:05.462 | +33.995秒 | 2 |
| 15 | 21 | 弗兰科·莫比德利 | VR46车队 | 42:06.057 | +34.590秒 | 1 |
| 16 | 42 | 阿莱克斯·林斯 | 雅马哈车队 | 42:10.695 | +39.228秒 | 0 |
| 17 | 7 | 托普拉克·拉兹加特利奥卢 | 普拉马克车队 | 42:11.029 | +39.562秒 | 0 |
| 18 | 49 | 法比奥·迪詹南托尼奥 | VR46车队 | 42:22.283 | +50.816秒 | 0 |
| 19 | 43 | 杰克·米勒 | 普拉马克车队 | 42:42.594 | +1:11.127 | 0 |
| 20 | 5 | 约翰·扎尔科 | 嘉实多本田LCR | 41:38.339 | 落后2圈 | 0 |
| — | 73 | 阿莱克斯·马奎斯 | 格雷西尼车队 | 31:23.842 | 退赛，完成18圈 | 0 |
| — | 11 | 迪奥戈·莫雷拉 | 本田LCR | 14:02.516 | 退赛，完成8圈 | 0 |
INKA SPORTS 分析：茂木同时让前两名更接近、第三名离榜首更远。马丁冲刺第三、正赛第二，共得27分；马克·马奎斯双胜拿到37分，在两场比赛各追回5分。贝泽奇冲刺第六、正赛第三，共得20分，虽登上周日领奖台，年度落后榜首的差距仍由42扩大至49分。周末两场共同结算后，争冠的变化才完整呈现。
